《会计法》第二十八条第一款规定：“单位负责人应当保证会计机构、会计人员依法履行职责，不得授意、指使、强令会计机构、会计人员违法办理会计事项。”这是对单位负责人在单位内部会计监督中的职责的规定，也是修订后的《会计法》新增加的一条规定。
首先，单位负责人有责任和义务保证内部会计监督制度的建立健全并发挥有效作用。如前所述，确定单位负责人为本单位会计行为的责任主体，目的是督促单位负责人要组织有关人员建立健全内部制约机制和相关制度，以保证会计工作有序进行。同时，单位负责人应当通过监督检查，使内部会计监督制度发挥作用。在实际工作中，有一些单位也建立了相应的内部监督和控制制度，但这些制度形同虚设，并没有认真执行，造成内部管理失控，单位负责人应对此负主要责任。
其次，应当联系《会计法》第四条“单位负责人对本单位的会计工作和会计资料的真实性、完整性负责”的规定一并来理解单位负责人在内部会计监督中的职责。单位负责人对本单位的会计工作和会计资料的真实性、完整性负责，并不是单位负责人自己直接从事会计工作，而是必须通过有关制度委托、授权会计机构、会计人员按章办事，严格把关。要保证会计行为规范和会计资料质量，在很大程度上取决于会计机构、会计人员在会计核算和会计监督中充分发挥作用。可以说，只要会计机构、会计人员真正起到“把守关口”的作用，财务收支中的任何违法违纪问题都会得到有效制止和纠正。加强会计监督，对于单位负责人履行对会计工作和会计资料真实性、完整性的责任，起到很重要的作用。因此，单位负责人在重视内部会计监督制度建设的同时，应当支持、保证会计机构、会计人员依法履行职责，为会计人员撑腰，帮助会计人员解决履行职责中遇到的困难和问题，在单位内部为会计人员实行有效监督创造一个良好的环境。
再次，单位负责人要以身作则，带头执法，不得干预、阻挠会计机构、会计人员依法履行职责，更不能授意、指使、强令会计机构、会计人员违法办理会计事项，这是法律所不允许的。在现实工作中，有些单位负责人认为，自己是负责人，对会计工作负责，会计上的事情都由自己说了算，授意、指使、强令会计人员办理违法会计事项，对会计人员的解答、劝阻、抵制，认为是“与自己过不去”、“不支持领导工作”，甚至采取不法手段对坚持原则的会计人员打击报复，等等。这些认识和做法显然是错误的。单位负责人对会计工作负责，不是说单位负责人可以胡作非为、可以指使、胁迫会计人员从事违法活动。《会计法》这一针对性很强的规定，就是要制止和打击单位负责人的上述违法行为，如果单位负责人肆意践踏《会计法》的规定，必将受到法律制裁。
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