商业承兑汇票的签发和兑付除以下几点外，其余手续和银行承兑汇票基本相同：
(1)签发汇票。商业承兑汇票按照双方协定，可以由付款单位签发，也可以由收款人签发。商业承兑汇票一式三联，第一联为卡片，由承兑人(付款单位)留存；第二联为商业承兑汇票，由收款人开户银行随结算凭证寄付款人开户银行作付出传票附件；第三联为存根联，由签发人存查。商业承兑汇票由付款单位承兑。付款单位承兑时，无须填写承兑，也不通过银行办理，因而也就无须向银行支付手续费，只需在商业承兑汇票的第二联正面签署“承兑”字样并加盖预留银行的印签后，交给收款单位。由收款人签发的商业承兑汇票，应先交付款单位承兑，再交收款单位专类保管。
(2)委托银行收款。作为收款单位，计算从本单位至付款人开户银行的邮程，在汇票到期前，提前委托银行收款。委托银行收款时，应填写一式五联的“委托收款凭证”，在其中“委托收款凭证名称”栏内注明“商业承兑汇票”字样及汇票号码，在商业承兑汇票第二联背面加盖收款单位公章后，一并送交开户银行。开户银行审查后办理有关收款手续，并将盖章后的“委托收款凭证”第一联退回给收款单位保存。
(3)到期兑付。商业承兑汇票到期，付款单位存款账户无款支付或不足支付时，付款单位开户银行将按规定按照商业承兑汇票的票面金额的5％收取罚金，不足50元的按50元收取，并通知付款单位送回委托收款凭证及所附商业承兑汇票。付款单位应在接到通知的次日起2天内将委托收款凭证第五联及商业承兑汇票第联退回开户银行。付款单位开户银行收到付款单位退回的委托收款凭证和商业承兑汇票后，应在其收存的委托收款凭证第三联和第四联“转账原因”栏注明“无款支付”字样并加盖银行业务公章后，一并退回收款单位开户银行转交给收款单位，再由收款单位和付款单位自行协商票款的清偿问题。如果付款单位财务部门已将委托收款凭证第五联及商业承兑汇票第二联作了账务处理因而无法退回时，可以填制一式二联“应付款项证明单”，将其第一联送付款单位开户银行，由其连同其他凭证一并退回收款单位开户银行再转交收款单位。
作为付款单位，由于无力支付而退回商业承兑汇票时，应编制转账凭证，将应付票据转为应付账款，其会计分录为：
借：应付账款
贷：应付票据
并在“应付票据备查簿”中加以登记。
相应地，收款单位收到其开户银行转来的付款单位退回的商业承兑汇票时，应编制转账凭证，将应收票据转为应收账款，其会计分录为：
借：应收账款
贷：应收票据
同样也应在“应收票据备查簿”中加以记录。
如果付款单位与收款单位经过协商，继续采用商业承兑汇票方式进行结算，应另开商业承兑汇票，并编制转账凭证，其会计分录为：
借：应付票据
贷：应付账款
同样收款单位在收到付款单位承兑的商业承兑汇票后，也应作转账凭证，其会计分录为：
借：应收票据
贷：应收账款
付款单位在收到其开户银行转来的因无力支付票据而收取的罚金凭证时，应按规定作银行存款付款凭证，其会计分录为：
借：营业外支出
贷：银行存款
(4)贴现。贴现的商业承兑汇票到期，由贴现银行向付款单位收取款项。如汇票到期而付款单位存款不足或无款支付时，按《支付结算办法》规定，银行将商业承兑汇票退回贴现申请人，并从贴现申请人(收款单位)账户收取已贴现票款，收款单位收到银行特种传票后，可立即向付款单位追索票款。如果申请贴现单位的银行存款余额不足，银行将作逾期贷款处理。因此，商业承兑汇票的申请贴现还存在着一个“或有负债”的问题，即申请贴现的企业负有一种潜在的、可能发生的债务。
(5)遗失及注销。商业承兑汇票遗失或未使用办理注销，不须向银行办理注销手续，而由收付款单位双方自行联系处理。
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