长期投资减值是指长期投资未来可收回的金额低于账面价值所发生的损失，如果由于市价持续下跌或被投资单位经营状况变化等原因导致可收回金额低于投资的账面价值时，应当计提减值准备。以后年度在卖出已计提减值准备的债券时，应同时结转已计提的减值准备;部分出售时，按该债券的总平均成本确定出售部分的成本，按相应比例结转已计提的减值准备。
以020005为例，该券市价持续2年低于账面价值(2002年12月31日收盘价98.49元，2003年12月15日成交价为72元)，这种情况表明该券存在减值迹象，售出则会出现形成投资亏损，而该券的期限尚有28年之多，符合计提长期投资减值准备的条件。若12月31日价格仍为72元，那么根据成本与市价孰低法，则应提取28元的长期投资减值准备，则冲减当年利润28元。计提减值准备是符合会计准则的行为，但对于计提减值准备这一职业判断仍应谨慎。对于如此巨额的减值准备，如果2004年020005的价值迅速恢复，过度计提则会有故意隐藏利润多计提秘密准备之嫌。因此，对于减值准备的计提，应有充足的根据，并满足权责发生制、实质重于形式等原则。
目前，银行间债券市场的长期投资减值均为暂时性减值，众多高信誉度的债券到期均能按百元面值得以兑付。但投资准则规定，无论是暂时性还是永久性价值减损，均应将其减值直接计入当期损益，因此，如何确认长期债券投资账面价值的下跌，以及是否计提减值准备和计提多少减值准备，成为一个难以量化而且争议较多的问题。
由于银行间债券市场的同买同卖行为，有些债券有合理的市价，有些债券则无市价，只能根据一些迹象由交易员进行判断。对于无市价债券，应该对其收益率进行分析，在综合宏观经济形势、货币政策取向、一级发行市场、二级交易市场的价格后，对报价进行研究，分析该债券合理的收益率水平，进行相应的判断，计算出该债券的价格。计提减值准备时，确定债券市场价格的取值可以遵循以下原则：
1、市场价格应首选12月31日收盘价，采用成本与市价相比较，对市价低于成本持续2年的债券应计提减值准备。债券的跌价仅指净价的跌幅，不包括债券的应计利息部分。
2、个别券种在12月31日没有市价的，可取最近一周距12月31日最近的市场价格;如果1周内无成交价格，可以选择合理的报价;如果既没有市价又没有合理报价，可根据收益率曲线取剩余期限相同、债券品质相近的同类债券收益率计算其价格。
3、确有证据表明某债券已不能再给商业银行带来经济利益，必须计提减值准备。对于跨市场债券020015、030001、030007和030011等债券，可以结合交易所国债市场的成交价格取值，在两个市场的联动性越来越强的情况下，信息相互影响使价格更易于趋向一致，有真实的成交价格可予以直接采用，在价格不能真实反映其价值时，可综合交易所国债市场与银行间债券市场均认可的收益率计算其价格。
债券买断式回购券种是否登记在表外科目、是否计提减值准备，目前会计准则中尚未明确规定。在首期已卖出时，持债表中没有该券种，但根据谨慎性原则，应该将债券买断式回购的到期交易列入表外科目。回购协议是一种客观存在必须履行的协议，履行该协议会导致经济利益流入或流出商业银行，而且金额可以计量，因此真实反映债券买断式回购才是完整的会计报表。在发生跌价的情况下，卖券方应将已售出的债券买断式回购券种提取减值准备，因为到期必须无条件履行协议买回该债券，该债券的所有权在到期后依然归属于卖券方。
以020006为例，卖券方如果在债券买断式回购协议中约定到期按100元买回，市场上该券的市价为93.6元，这部分的跌价在2004年是否能得以恢复还是个未知数，因此对表外科目登记的债券买断式回购券种应充分估计其减值准备。
在计提减值准备时，债券的成本是关键。二级市场上多次买入的债券其成本是变动的，债券的成本必须是经过每月或每季的溢折价摊销后的成本，才能与市价相比较计提减值准备。债券成本的计价方法应遵循一贯性原则，前后各期应当保持一致，不得随意变更，在选择先进先出法、后进先出法、加权平均法、移动加权平均法等方法确定其实际成本时，商业银行计价方法一经确定，不应随意变更;如在年度内有必要变更，应当在变更前，将变更的内容和理由、变更的累积影响程度等在财务会计报告中予以说明。
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